貝拉

當序列的量很大的時候，上傳就變得很麻煩～

一條一條設定簡直是浪費生命呀XD

新版網頁可以用Excel上傳！一大福音！

http://www.ebi.ac.uk/ena/submit

此說明使用3.695版本

1. 序列須 alignment 好，並且頭尾切齊，存成 fasta 檔(.fas)，

    記得將 indel (insertion、deletion) 填好，phylip 無法判斷會將 indel 刪掉

2. 用 DNAsp 轉檔成 phylip

    將 fasta 叫進 DNAsp，File -> open data file

先前提過怎麼跑BEAST~ 【Software】BEAST 到底怎麼做出一棵tree? 算分歧時間? 

BEAUti 很不清楚~分享一下最近用到的基本設定~

BEAUti 怎麼設定參數?

Taxa

先前提過說明書說怎麼把ESS提高~

但提高 length of chain 會導致 TreeAnnotato 樹收不起來~ 出現 out of memory~

實際測試的新發現!!

把tree變小 ESS變黑字的小技巧!!

MrBayes是個貼心的軟體~說明書一開始就有個"Quick Start"教你怎麼跑~

先前的版本只要遇到當機、停電、任何原因中斷程式，就得重跑...對於我們這種要跑幾個禮拜，甚至幾個月的資料...真的是一大痛處!

MrBayes 3.2 說停止不用再怕了!!

BEAST (Bayesian Evolutionary Analysis Sampling Trees)，這個軟體的中文資料真的很少~

怎麼對岸鄉民不愛嗎? 

官方網站在這：http://beast.bio.ed.ac.uk/Main_Page

其實他不難，只是要操作要先把說明書看完...他沒有貼心的簡單步驟~

他是JAVA軟體，所以有時候會挑電腦...通常更新JAVA就可以用了~

Sequence conversion  https://app.bugaco.com/converter/biology/sequences/index.php

這網頁真的很方便，要跑程式卻不知道怎麼轉檔! 來這裡找就好了~

跑MrBayes 需要nex檔(nexus)，用DNAsp轉出來的不能用...

用這個網頁轉的才可以，簡單又方便