BEAST (Bayesian Evolutionary Analysis Sampling Trees),這個軟體的中文資料真的很少~

怎麼對岸鄉民不愛嗎? 

官方網站在這:http://beast.bio.ed.ac.uk/Main_Page

其實他不難,只是要操作要先把說明書看完...他沒有貼心的簡單步驟~

他是JAVA軟體,所以有時候會挑電腦...通常更新JAVA就可以用了~

 

非常有趣的是,我在另一個軟體中發現他的操作步驟~肯定無法理解為什麼這軟體這麼好心XD

RASP (Reconstruct Ancestral State in Phylogenies) http://mnh.scu.edu.cn/soft/blog/RASP/

RASP是一套頗新的軟體~結合演化樹檢測族群擴張、收縮、滅絕等等,很有趣的功能,有興趣的應該試試!

 

以下是中文說明~

跑BEAST

1. 先用BEAUti設定參數

2. 點選File > Import Alignment 叫你的NEXUS(.nex)檔案進來 (用序列轉檔超好用網頁! fas 轉 nex~ fasta 轉 nexus~ 的轉檔方式可以在這個程式用喔!)

3. 成功叫進去後會發現,其實他有很多參數可以設定,自己去看看說明書吧!
    其中MCMClength of chain就是你要跑幾次拉~原始設定是10000000~
    這個取決於你的序列數量以及資料的好壞,數量越大就要跑越多次,當然就是試試看囉~
    你也可以跑完後看他的變動,變動太大非常有可能次數不夠高!

4. 設定完後按右下角的Generate BEAST file,存在BEAST的資料夾裡較好~存出來的副檔名會是.xml~

5. 執行BEAST~ 選擇剛剛設好參數的檔案,Random number seed通常他都幫你設好了~ 然後就run吧!!

6. 看他有開始數數0...1000...2000就是成功開始跑了~
    如果停在某個地方,沒有數數,就是有error,仔細看看他跟你說哪裡有error,通常是有地方設定錯了,回去修改通常就可以了~

7. 跑完會有 .log 跟 .tree 兩個檔案才對喔!!

用Tracer看log檔

8. 官網上有Tracer的載點~http://beast.bio.ed.ac.uk/Tracer 下載後打開他吧! 英文教學http://beast.bio.ed.ac.uk/Analysing_BEAST_output

9. File > Import Trace File 選.log 的檔案,Tracer可以叫入多個.log檔,也就是你可以跑好幾個再把他們組合起來~
    通常我會跑了三個穩定的資料組合在一起~Tracer只能看,要用LogCombiner組喔!

10. 成功叫進去先看,左邊那欄的ESS(Effective Sample Size),低於100會是紅字,100-200會是黃字,跟你說變動太大了~不可信拉~~

11. 再點ESS紅字數值,看右欄的tarce,只要ESS是紅字變動就會很大~(下面有教你怎麼讓ESS長高)
      

用TreeAnnotato看tree檔

12. BEAST有附帶小程式叫TreeAnnotato,打開他!

13. 輸入Burnin以及Posterior ProbabilityBurnin就是一開始跑的幾次變動很大的不要了~
      Burnin一般都設定10-25%,這裡的Burnin不是length of chain的次數,是有幾棵樹,
      如果length of chain是10000000,每跑1000收一筆資料,那你總共有10000棵樹,Burnin就設1000-2500~

14. 選擇Input Tree File,就是跑出來的tree檔。

15. 選擇Output File,自己決定名稱位置。

ESS紅字很多怎麼辦?怎麼增加?

軟體的建議有四個~

1. 提高MCMClength of chain

2. 提高 sampling frequency  (要注意的是樹太多TreeAnnotato可能會無法跑完)

3. 多跑幾筆資料再Combine起來 (用附贈的小軟體LogCombiner)

4. 調整BEAUtiOperatorsauto-optimization (但是我發現在程式預設就已經勾選了耶!)

 

實際測試新發現!!

【Software】BEAST TreeAnnotato 解決 out of memory! ESS提高!  

【Software】BEAST BEAUti 設定 mutation rate 

 

 

文章標籤
創作者介紹
創作者 BELLA 的頭像
BELLA

貝拉

BELLA 發表在 痞客邦 留言(1) 人氣()


留言列表 (1)

發表留言
  • itshappening
  • 請問beast 跑了出來的樹, 如何計算nucleotide subsituition rate?
    e.g. 我有10 個不同時間收集的樣本, 每年一個, 用relaxed clock model?
    謝謝你呀!