先前提過怎麼跑BEAST~ 【Software】BEAST 到底怎麼做出一棵tree? 算分歧時間? 

BEAUti 很不清楚~分享一下最近用到的基本設定~


BEAUti 怎麼設定參數?

Taxa

設定不同的分類群,到時候去 Tracer 看 log 檔會有每個分類群的分歧時間 (中間那欄 mean 值所顯示的)

Sites

設定substitution model 跟 +G +I,正確的model才會有正確的樹~

我用jModelTest,看AIC、BIC或DT值 (有時間改天再來寫~)

Clocks

必須評估你的資料適合甚麼model~

在 Rate 那欄輸入你的 mutation rate

如果用 strict clock 則出來的 mean 除以 mutation rate 就是分歧時間~

strict clock 假設在每個譜系的分子時鐘速率一致的~ 但是一般生物不可能符合~

Operators

如果你要手動控制參數就把" Auto Optimize "取消

MCMC

length of chain 總共跑的次數 (事後才去除burnin,用LogCombiner 或是TreeAnnotator~)

log parameters every 是收tree的頻率~

Echo state to screen every 是收log檔的頻率~

 

怎麼設定可以跑出ESS沒有紅字~看這篇~

【Software】BEAST TreeAnnotato 解決 out of memory! ESS提高! 

 

 

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