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先前提過說明書說怎麼把ESS提高~

但提高 length of chain 會導致 TreeAnnotato 樹收不起來~ 出現 out of memory~

 

實際測試的新發現!!

把tree變小 ESS變黑字的小技巧!!

把 length of chain 提高,到時候 TreeAnnotato 跑到一半就出現 out of memory!!

先試試看你的電腦可以收幾棵樹~目前我身邊最好的電腦可以收50000棵,burnin要10000-12500,所以大致上是40000棵樹

然後

length of chain 提高到你的ESS沒有紅字~

也把 log parameters every 提高到產生的樹約在你電腦可以承受的數量~

 

例如:

length of chain 要100000000 才沒有ESS的紅字~ 我的電腦只能跑50000樹~

那就把 log parameters every 提高成 2000 (100000000/50000=2000)

就是每2000才收一棵樹,所以跑1億次就會有50000棵樹~

 

這樣跑的次數夠高ESS就不會有紅字,TreeAnnotato 也不會跑不動了!!

 

log parameters every 是收tree的頻率~

Echo state to screen every 是收log檔的頻率~ 提高會有更多紅字~ 但說明書說不要低於1000~他會亂來XD

 

怎麼用BEAST? TreeAnnotato? Tracer?

【Software】BEAST 到底怎麼做出一棵tree? 算分歧時間? 

 怎麼設定BEAUti?

【Software】BEAST BEAUti 設定 mutation rate 

 

 

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