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此說明使用3.695版本

1. 序列須 alignment 好,並且頭尾切齊,存成 fasta 檔(.fas),

    記得將 indel (insertion、deletion) 填好,phylip 無法判斷會將 indel 刪掉

2. 用 DNAsp 轉檔成 phylip

    將 fasta 叫進 DNAsp,File -> open data file

    轉檔,File -> save/export data as -> phylip file format

3. 下載後的 phylip 資料夾放在d槽

4. 將準備好的檔案放進 phylip 資料夾中的 exe 資料夾

5. 將檔名改成 infile (無附檔名)

6. 打開 seqboot.exe ,建立重覆取樣的矩陣 (bootstrap)

    輸入 r (how many replicates) =>(enter)  500 (看需求可調整重覆取樣數) =>

    輸入 y (開始跑)  => Random number seed 輸入 => 開始跑 (跑完會出現 press enter to quit)

7. 將原本的 infile 改名為 infile1 (也可以刪除)

    將outfile 改名為 infile

8. 打開 dnapars.exe ,開始建立樹

    輸入 m (analye multiple data sets) => D => 500 (輸入上個步驟設定的重覆取樣數) => 1 (Random number seed) =>  1 (number of time to jumle) =>

    輸入 s (search option) => Y (rearrange on jest one best tree) =>

    輸入 3 (print out tree) => (print out tree = no)

    輸入 y (開始跑) => (跑完會出現 press enter to quit)

9. 將原本的 infile 改名為 infile2 (也可以刪除)

    將 outfile 改名為 infile (也可以刪除)

    將 outtree 改名為 intree

10. 打開 consense.exe,合併重覆取樣的很多棵樹,變成一棵樹

    輸入 r (trees to be treated as roored) => (該選項變成yes)

    輸入 y (開始跑) => (跑完會出現 press enter to quit)

11. 將 outtree 附檔名改成 .nwk ,這個檔案可以用MAGE、TreeView、FigTree開

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