MrBayes是個貼心的軟體~說明書一開始就有個"Quick Start"教你怎麼跑~

 

先前的版本只要遇到當機、停電、任何原因中斷程式,就得重跑...對於我們這種要跑幾個禮拜,甚至幾個月的資料...真的是一大痛處!

MrBayes 3.2 說停止不用再怕了!!

 

只要再次叫入檔案! 設定好參數! 然後,用mcmc append=yes 來執行

他就會把舊資料叫出來繼續跑! 開心!!

 

當然有先決條件,

1. 要有達到Checkfreq的次數,產生.ckp的檔案才能繼續跑~
    在mcmc的指令中有Checkfreq的預定值100000

2. 繼續跑的samplefreq必須跟先前的一樣~

 

近期測試結果~有幾個也要注意的~

1. 新設定的ngen要比中斷時跑的次數還高

2. lset中的nstrate (model)要跟先前的一樣

 

另一個超好用的是~

以往設定ngen幾次跑完後,他會問你Continue the analysis? (yes/no) 這就一定要顧在電腦前面,直到值夠低可以收資料時...

這個指令很好用,mcmc裡的,Stoprule=yes Stopval=0.05,預定是NO

這樣他就會在跑到低於0.05時停下來~ 但是如果先跑到你設定的ngen時也會停下來問你yes or no

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